Das durch Beiträge von Stiftungen und privaten Geldgebern getragene Fellowship-Programm von SIK-ISEA ermöglichte Forschenden aus dem In- und Ausland bis zu dreijährige Aufenthalte am Institut. Die Fellows profitierten von einem anregenden Umfeld und einer leistungsfähigen Forschungsinfrastruktur mit Archiven und Fachbibliothek. Fellows aus dem Ausland konnten in einer Dependance, dem ehemaligen Wohn- und Atelierhaus des Künstlers Franz Rederer (1899–1965), untergebracht werden.
Nach Beendigung des Programms im Jahr 2016 besteht für interessierte Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler weiterhin die Möglichkeit, die Forschungsinfrastruktur im Rahmen eines Aufenthalts am Institut zu nutzen. Das Angebot richtet sich an Forschende, deren Vorhaben bereits von dritter Stelle finanziert ist und die sich aus der Anwesenheit bei SIK-ISEA besonderen Gewinn für die Bearbeitung ihrer Fragestellung versprechen. Bewerbungen sind direkt an die Direktion von SIK-ISEA zu richten.