Le origini dell’Archivio svizzero d’arte risalgono alla fondazione di SIK-ISEA, avvenuta nel 1951. Avviata in quell’anno, e da allora continuamente ampliata, la raccolta di documenti sull’arte svizzera rispecchia i progetti di ricerca e di documentazione realizzati dall’Istituto: nei primi decenni, importanti donazioni hanno permesso di far confluire nei suoi Fondi archivistici i lasciti parziali di Ernst Stückelberg, Rudolf Koller e Augusto Giacometti.
Negli anni '70 la sezione Documentazione ha ampliato la propria collezione, focalizzata sulla stampa periodica e sui materiali concernenti esposizioni, inglobando l’Archivio dello Schweizerisches Künstler-Lexikon (Dizionario degli artisti svizzeri, 1918–1967). Ancora prima del 2000 si sono aggiunti i fondi parziali di Otto Meyer-Amden, Reinhold Kündig, Max von Moos, Hans Fischli e Fritz Pauli. Dall’inizio del XXI secolo il patrimonio dell’Archivio è stato integrato con preziosi lasciti: il fondo manoscritto di Aldo Walker, il fondo epistolare di Karl Geiser, la corrispondenza della famiglia di Giovanni Giacometti, oltre alle lettere e agli schizzi di Otto Meyer-Amden, di provenienza familiare. Fra le più recenti acquisizioni figura anche l’archivio Hodler di Carl Albert Loosli, conservato in forma di deposito permanente del Musée d’art et d’histoire di Neuchâtel.